なんとかカテゴリページごとにカレント処理を入れることに成功した

MTSetVarには変数を仕込めないのでMTSetVarBlockを使うのが正解だったらしい

また、MTIfでも変数がうまく拾えない？ので

別途変数を用意してMTIfで変数比較するとうまくいった

<MTTopLevelCategories><MTIfNonZero tag="MTCategoryCount">
 <MTSetVarBlock name="currentCat">index_archive_<$MTCategoryLabel$></MTSetVarBlock>
 <li<MTIf name="tempName" eq="$currentCat"> class="current"</MTIf>><a href="<$MTCategoryArchiveLink$>"><MTCategoryLabel></a></li>
</MTIfNonZero></MTTopLevelCategories>

ようするにこんな感じ